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Identification automatique de zones dans des documents pour la constitution d’un corpus médical en français

Louise Deléger, Aurélie Névéol

Résumé : De nombreuses informations cliniques sont contenues dans le texte des dossiers électroniques de patients et ne sont pas directement accessibles à des fins de traitement automatique. Pour pallier cela, nous préparons un large corpus annoté de documents cliniques. Une première étape de ce travail consiste à séparer le contenu médical des documents et les informations administratives contenues dans les en-têtes et pieds de page. Nous présentons un système d’identification automatique de zones dans les documents cliniques qui offre une F-mesure de 0,97, équivalente à l’accord inter-annoteur de 0,98. Notre étude montre que le contenu médical ne représente que 60% du contenu total de notre corpus, ce qui justifie la nécessité d’une segmentation en zones. Le travail d’annotation en cours porte sur les sections médicales identifiées.

Abstract : Much clinical information is contained in the free text of Electronic Health Records (EHRs) and is not available for automatic processing. To advance Natural Language Processing of the French clinical narrative, we are building a richly annotated large-scale corpus of French clinical documents. To access the most medically relevant content of EHRs we develop an automatic system to separate the core medical content from other document sections, such as headers and footers. The performance of automatic content extraction achieves 96.6% F-measure, on par with human inter-annotator agreement of 98%. We find that medically relevant content covers only 60% of clinical documents in our corpus. Future annotation work will focus on these sections.

Mots clés : Traitement Automatique de la Langue Biomédicale, segmentation de documents, identification de zones

Keywords : BioNLP, Automatic document segmentation, section identification